Amélie et la métaphysique des tubes, Belçikalı ebeveynlerin kızı olarak Japonya'da doğan genç Amelie'nin hayatına odaklanıyor. Hayatının ilk iki buçuk yılında, tipik insan deneyimlerinden kopuk, saf bir duyumsallık içinde yaşar; bu durum mecazi olarak "hareketsiz ve bitkisel bir sindirim borusu" olarak tanımlanır. Ancak üçüncü doğum gününde, dönüştürücü bir olay onu dünyaya uyandırır. Sonraki altı ay boyunca dili, aileyi, cennet bahçesini, Japonya'yı, suyu, değişen mevsimleri ve zamanın akışını keşfeder.